浅野直樹です。
notの使い方は実は難しいです。
A is not the only answer.は「Aは唯一の解答ではない（他にも解答はある）」ということです。「Aだけが解答ではない」という日本語もありでしょう。
しかし、Only A is not the answer.という英文は奇妙に聞こえます。どこがどう奇妙なのか、インターネットで少し調べただけでは明確な説明が見つかりませんでした。例文検索をしてもonly ~ not …という語順の例文は事実上見つかりませんでした。強いて私なりに意味を取ろうとするなら、「Aだけが解答以外の何らかのものだ」くらいかと思います。意味をなさないですね。
Only A is the answer.なら「Aだけが解答だ」と自然な意味に聞こえます。A is the only answer.「Aは唯一の解答だ」とほぼ同じ意味になります。