浅野です。
構造把握と内容理解を総合して和訳をします。
次の箇所などは典型的です。
such design failures contribute to modifications elsewhere in the highly integrated system that improve reproductive capacity.
thatが関係代名詞であることはわかりやすいのですが、先行詞がthe highly integrated systemなのかmodificationsなのかは文法的に決めることができません。個々の器官を見れば設計ミスがあるとしても、それが生物全体としての繁殖能力の向上させる変態（修正）に寄与するのだという内容を理解できれば、先行詞はmodifications（変態、修正）だとわかります。上記の引用箇所だけでなく、前後の文章をじっくり読めば、そういう話なのだとわかるように作ってあります。